По размерам площади Выгозеро занимает третье место среди озер Карелии (после Ладожского и Онежского озер). Водохранилище вытянуто в общем направлении с северо-запада на юго-восток, расчленено на отдельные части и большие заливы. Число островов 529 с общей площадью 126 кв. км. Выгозеро - неглубокий водоем со сложным строением рельефа дна. Средняя глубина равна 6,2 м, наибольшая глубина около 18 м.

С 1933 г. озеро превращено в водохранилище в связи с включением eгo в трассу Беломорско- Балтийского канала. Уровень воды в озере был поднят почти на 7 метров, что вызвало затопление обширной территории и увеличение площади водоема более чем, в два раза. С затопленной территории в водохранилища поступило большое количество органических и минеральных веществ (древесные и травянистые остатки, всплывшие торфяники, размытые почвы и пр.). Последствия превращения озера, в водохранилище существенным образом сказались на его гидрохимическом режиме и вызвали большие изменения в растительном и животном мире водоема, включая и рыб, изменились также условия и места рыбного промысла.

Берега большей частью каменисто-песчаные и каменистые. Возвышенные берега характерны главным образом для северного Выгозера, низкие берега - для южных районов водохранилища. Побережье покрыто лесом, местами заболочено.

В Выгозерском водохранилище обитают 11 видов рыб: лосось озерный, ряпушка, сиги, щука, плотва, язь, лещ, судак, окунь, ерш и налим. Главные промысловые рыбы: лещ, ряпушка, щука, налим, окунь и плотва.
На озере расположен город Сегежа.